Toholammilla on neljä alakoulua. Kyläkoulut ovat Sykäräisessä, Kleemolassa ja Viitojalla. Alakouluista suurin, Herman Ojalan koulu, sijaitsee keskustassa koulunmäellä. Uusi koulurakennus otettiin käyttöön tammikuussa 2022.
Sykäräisen koulu ja Kleemolan koulu ovat pienimmät kyläkoulut ja niiden opetus on jaettu luokka-asteiden mukaan. Kleemolan koulussa opetusta saavat luokat 0-3 ja Sykäräisissä luokat 4-6. Sykäräisen koulu sijaitsee noin 20 km:n päässä keskustasta, idyllisessä paikassa Lestijoen varrella, vilkkaan kylätoiminnan tyyssijana tunnetun kylänsä sydämessä. Kleemolan koulun hirsirakennus sijaitsee avarassa jokimaisemassa loistavien ulkoleikkimahdollisuuksien äärellä, 7 km Toholammin kirkonkylästä. Huoltajat ja kyläläiset ovat halunneet osallistua koulujen kehittämiseen mm. tekemällä koululaisille liikunnalliset leikkipihat. Pieni kouluyhteisö katsotaan molemmissa kylissä voimavaraksi.
Keskustasta viitisen kilometriä Kannuksen suuntaan on Viitojan koulu, jossa opiskelee noin 30 oppilasta. Koulu on aikanaan rakennettu maatalouden tutkimusasemaksi ja siitä johtuen sitä ympäröi keskipohjalaisittain monilajinen puulajipuisto.
Toholammin yläkoulu eli Kuusiston koulu kerää kaikki yläkouluikäiset kirkonkylän koulunmäelle alakoulun ja lukion kanssa yhteiseen pihapiiriin. Yläkoulussa on noin 150 oppilasta. Toisen asteen koulutusta on tarjolla noin 70 oppilaan lukiossa, jossa viihtyminen ja hyvä opetus käyvät käsi kädessä. Koulunmäellä on hienot mahdollisuudet kaikenlaisen liikunnan harrastamiseen. Koulujen vieressä sijaitsee mm. vuonna 2022 valmistunut yleisurheilukenttä, jääkiekkokaukalo, jalkapallo-/ pesäpallokenttä, liikuntahalli, kuntorata ja frisbeegolfrata.
Kunnan koulujen ydinajatuksena on opettamisen ohella syvä välittäminen oppilaista ja heidän hyvinvoinnistaan. Kunta panostaa koulujen tuntikehysresursseihin, opetusvälineistöön ja oppimisympäristöihin. Kaikilla kouluilla on kerhotoimintaa ja alakouluilla myös vilkasta ja aktiivista Liikkuva koulu -toimintaa.