Luottamushenkilöorganisaatio
Kunnan luottamushenkilöorganisaation muodostavat kunnanvaltuusto, kunnanhallitus ja lautakunnat. Ne on esitelty kohdassa päätöksenteko.
Kunnanjohtaja
Kuntaorganisaation toimintaa johtaa ja kehittää kunnanjohtaja. Kunnanjohtaja on kunnanhallituksessa käsiteltävien asioiden esittelijä. Kunnanjohtajan päätösvalta on tarkemmin määritelty kuntalaissa ja hallintosäännössä.
Hallinto-organisaatio
Kunnan hallinto-organisaatiota johtavat osastopäälliköt. Toholammin kunnan operatiivista toimintaa johtaa kunnan johtoryhmä. Johtoryhmän puheenjohtaja on kunnanjohtaja ja jäseninä osastopäälliköt. Lisäksi johtoryhmän kokouksiin osallistuu tarvittaessa muita asiantuntijoita. Johtoryhmällä ei ole laeissa tai hallintosäännössä määriteltyä päätösvaltaa.
Kuntakonserniin kuuluvat Kiinteistö Oy Toholammin vuokratalot, Toholammin Energia Oy, Toholammin kehitys Oy ja Toholammin Viemäriliikelaitos, joilla kullakin on oma nimetty toimitusjohtajansa.